Pada 5 Maret 1985, sebagai sebuah Yayasan, YPR didirikan oleh sekumpulan arsitek yang sebelumnya banyak terlibat secara intens bersama Romo Mangun melakukan pemberdayaan di komunitas Code, Ledok Gondolayu. YPR menjadi wadah aktualisasi bagi sekumpulan orang dari beragam lintas disiplin ilmu dan profesi meliputi arsitek, pekerja sosial, intelektual, agamawan, penulis dan seniman yang berkomitmen mendedikasikan keahlian mereka untuk mengembangkan pembangunan manusia melalui karya nyata kepada komunitas akar rumput.

Tergerak oleh peristiwa penggusuran kampung kumuh di perkotaan tahun 1980an dan idealisme menciptakan suatu tatanan sosial yang lebih adil dan lingkungan perkotaan yang lestari, YPR mulai karyanya dengan mengambil fokus atau kepemihakan pada masyarakat lemah dan terpinggirkan. Komunitas masyarakat kampong kota merupakan pilihan. Proyek monumental pertamanya adalah penataan kawasan kumuh yang ditinggali para gelandangan orang miskin di bawah Jembatan Gondolayu, Yogyakarta. Karya Romo Mangun beserta kolega-koleganya di Komunitas Code ini telah dibukukan oleh Darwis Khudori (2002) dengan judul: Menuju Kampung Pemerdekaan Membangun Masyarakat Sipil dari Akar-akarnya. Belajar dari Romo Mangun di Pinggir Kali Code.

Sejak 1989, karena alasan kondisi politik yang represif, YPR tidak aktif untuk sementara waktu. Tahun 1997, memulai aktivitas kembali yang digerakkan oleh sebagian aktivisnya dengan pengembangan kegiatan income generating untuk merespon krisis ekonomi kala itu. Mulai tahun 2000, YPR aktif kembali bekerja untuk pemberdayaan masyarakat sipil dengan mengambil fokus pada komunitas marginal perkotaan. Sejak saat itu, YPR mengembangkan karya-karya melalui berbagai kegiatan penelitian dan penerbitan dokumentasi kampung-kampung kota dan pemberdayaan komunitas lewat pengembangan sistem informasi, pengorganisasian komunitas, dan peningkatan keterlibatan komunitas dalam proses pembuatan kebijakan publik.

Keterlibatan konkrit dalam komunitas menjadi semangat dalam proses belajar-bekerja bersama. Sejak 2003 YPR telah bekerjasama dengan 6 Kampung perkotaan. Metodologi partisipatory action research menjiwai aktivitasnya. Digerakkan oleh para pegiat muda, YPR sepuluh tahun terakhir melakukan pemberdayaan dan pendidikan kritis berbasis pendekatan sosio-kultural dan sosio-spatial. Program kegiatannya meliputi; 1) Kampung permagangan  yakni program pemberdayaan dan pengorganisasian komunitas melalui aktivitas belajar alternatif dalam sanggar kampung, mengembangkan media komunitas (bulletin kampung), dan pengembangan ruang publik. 2) Kegiatan riset dan Advokasi melakukan kegiatan riset dan advokasi komunitas perkotaan  3) Perpustakaan dan dokumentasi kota, mengembangkan database informasi tentang kampong kota dan layanan pustaka.

Hasil Kegiatan
Melalui kegiatan yang konsern pada pengembangan kampung kota, YPR telah menghasilkan produk-produk penerbitan yang bertemakan persoalan pembangunan kampung dan kota, sejarah kampung kota, pemberdayaan komunitas marginal kota, dalam berbagai bentuk. YPR juga mengembangkan jejaring antar kelembagaan dengan universitas, lembaga pemerintah, dan NGO, serta terlibat dalam berbagai kegiatan workshop dan pertemuan jaringan di tingkat Internasional.  Salah satu poin penting dari aktivitas YPR adalah ketika Pemkot Kota Yogyakarta terinspirasi mengembangkan kebijakan-kebijakan yang berbasis pada kampung sebagai dampak dari persentuhan dan dialog intensif dengan komunitas kampung seperti 1) kebijakan Ekonomi berbasis kampung (2007), Kebijakan pengembangan ruang publik untuk komunitas kampung kota (2007- sekarang), pengembangan Perpustakaan berbasis RW (2008).

Penerbitan:
1. Majalah Exploring Yogya (bulanan) yang terbit antara Pebruari 2000 – April 2002
2. Majalah Dwi bulanan Warta Kampung (Juli 2000 – Februari 2003).
3. Buku “Menuju Kampung Pemerdekaan: Membangun Masyarakat Sipil
dari Akar-akarnya, Belajar dari Romo Mangun di Pinggir Kali Code”, April 2002
4. Buku “The Altruism of Romo Mangun: The Seed, The Growth, The Fruits”, April 2002
5. Novel “Kali Code : Pesan-pesan Api” karya Mustofa W Hasyim, January 2005
6. Buku “Rethinking Solidarity in A Global Society : The Challenge of Globalisation for Social and Solidarity Movements” (ed. Darwis Khudori), April 2005
7. Buletin Kampung bekerjasama dengan 4 komunitas kampung di Yogyakarta (Badran (1 edisi), Kricak (2 edisi), Sidomulyo (1 edisi), Tungkak (3 edisi), 2003-2006
8. Buletin Perpustakaan “Media KaTa”, 2005 - 2008
9. Jurnal Kota “Kampung”, Juni 2004 – sekarang
10. Buku  “The Hidden Meanings of Kampung Code  “Non-housing” and “Housing” Movement in a Community-based Urban Development, Yogyakarta, Indonesia by Darwis Khudori, April 2009.

Diskusi dan Seminar
1. Bedah Buku Agustus 2000, Juni 2001, April 2002, Februari 2005
2. Rangkaian Kuliah Umum Juli-Agustus 2001
3. Workshop Perkotaan, Februari 2002
4. Diskusi Berkala, April 2003, Juli 2003, Maret 2004, Juni 2004, November 2004, Pebruari 2005, kerjasama dengan Fakultas Ilmu Budaya, Universitas Gajah Mada, Universitas Kristen Duta Wacana dan Jurusan Sosiologi Atmajaya.
5. Seri Diskusi Perkotaan, Febuari 2005-Febuari 2006, Kerjasama dengan Pemerintah Kota Jogjakarta, dan Jurusan Sosiologi Atmajaya
6. Seri Diskusi “Jogja Realitas” di Radio Eltira FM, Yogyakarta, Februari 2006, kerjasama dengan Yayasan Tembi, Harian Kompas, Jurusan Sosiologi Atmajaya, IRE, dan Eltira.

Penelitian
1. Penelitian tentang Sejarah Kampung, Maret 2003-Agustus 2003
2. Penelitian Kewargaan Spasial, April 2004 – Januari 2005
3. Penelitian Sistem Informasi Kampung, Januari – Juni 2004
4. Penelitian Monografi Kampung Bumen, Purbayan, Kotagedhe, Juli- Agustus 2009

Kerja sama dengan Perguruan Tinggi
1. Pelaksanaan Program KKN Alternatif Jurusan Sastra Inggris, Fakultas Sastra, Universitas Sanata Dharma, Mei - Juni 2004, November 2004 – Januari 2005, Mei – Juni 2005 – Hingga sekarang.
2. Jurusan Ilmu Pemerintahan, Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik (FISIPOL) Universitas Gadjah Mada (UGM), Yogyakarta, November-Desember 2005 dalam kegiatan kuliah lapangan.

Partisipasi dalam acara internasional
1. Loka Karya Internasional “Spirituality and Globalization”,Yogyakarta, Juli 2002
2. World Social Forum III , Porto Alegre - Brazil, Januari 2002
3. Loka karya Internasional “Education of Global-Alternative”, Kolombo – Srilanka, Juni – Juli 2002
4. Loka karya Internasional LOCOA (Local Leader and Community Organizing in Asia), Bali , Juni 2003
5. Loka karya Internasional “Asian People’s Dialogue II” , Jakarta , September 2003
6. World Social Forum V, Porto Alegre – Brazil, Januari 2005
7.“Bandung 2005: Rethinking Solidarity inGlobal Society”, sebagai Peringatan 50 Tahun Konferensi Asia - Afrika Bandung 1955, Yogyakarta , April 2005
8. Asia Europe People Forum, Helsinki, Finlandia, September 2006
9. 55 Bandung 55: Rethinking Solidarity inGlobal Society”, sebagai Peringatan 55 Tahun Konferensi Asia - Afrika Bandung 1955, Yogyakarta , April 2009
10. Youth Encounter in India in the Context of todays’s Crises, Mei  2009

Lembaga Pendukung
YPR selama sepuluh tahun terakhir mendapat dukungan dari lembaga-lembaga yang peduli terhadap perjuangan kemanusiaan dan HAM untuk pembangunan masyarakat seperti CCFD (Contre le Faim et pour le Developpement) dari Prancis sejak tahun 1997 untuk berbagai kegiatan yang fokus pada pengembangan identitas komunitas kampung. Pada tahun 2007, YPR mendapatkan dukungan dari TIFA Foudation untuk sebuah program Telling The Truth melalui rangkain penerbitan dan peluncuran buku kumpulan puisi karya seorang tokoh sastrawan eksil, Hersri Setiawan dalam tajuk “Mendengar Indonesia”.  Pada tahun Yang sama YPR juga bekerjasama dengan GTZ-GLG sebagai local partner dalam Program Community Action Planning (CAP) di tiga kampung kota yang terkena dampak  gempa, Karanganyar, Bumen dan Pandeyan.